K Boubínskému pralesu se nejsnáze dostanete z turistické vesničky Kubova Huť, do které se snadno dopravíte autem, vlakem i autobusem.
Při cestě autem většinou se většinou musíte do Vimperka, odkud je to do Huti přesně 10 km. Při cestě z Prahy se vydejte směr Dobříš, Strakonice, Vimperk, Kubova Huť. Pokud cestujete z Moravy, zamiřte na České Budějovice a odtud znovu na Vimperk.
Při cestě autobusem vás čeká minimálně jeden přestup ve Vimperku, často s dvouhodinovou prodlevou mezi spoji. Autobusové spojení je ale časté a jenom z Prahy jedou do Kubovy Hutě minimálně tři spoje denně.
Pro železniční romantiky je Kubova Huť ideální destinace. Vlakové spojení je totiž přímo ve vesničce, jejíž nádraží je nejvýše položenou stanicí v České republice. Nejkratší a nejrychlejší cesta vede přes dopravní uzly v Plzni a Strakonicích. V těchto stanicích je také nutno přestoupit.
Pokud si s sebou berete kola, můžete z specielní autobusové linky na trase Plzeň – Lenora umožňující přepravu bicyklů. Z Lenory do Kubovy Huťě je to cca. 8 km.